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É o teste padrão-ouro para o diagnóstico de infecção por coronavírus, cuja técnica detecta o RNA viral em amostras coletadas por swab da cavidade nasal e orofaringe, por aspirado de secreção da nasofaringe ou até de vias aéreas inferiores. Até esse momento, é considerado o método de referência no Brasil para confirmar COVID-19.

O RT-PCR permanece sendo o teste de escolha para pacientes sintomáticos na fase aguda. O Ministério da Saúde recomenda que o teste seja coletado entre o 3º e 7º dias de sintomas, preferencialmente, quando a carga viral é maior, podendo ser coletado até o 10º dia.  Após o sétimo dia a positividade do RT-PCR começa a cair, chegando a 45% entre os dias 15 e 39.

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